A Secretaria de Ensino Superior (SESU) é um órgão componente da estrutura administrativa do Ministério da Educação (MEC), responsável por planejar e executar políticas nacionais do nível superior de ensino. A instituição é responsável por manter supervisionar e desenvolver as instituições de ensino superior públicas federais e de supervisionar as instituições de ensino superior privadas.
Na controvérsia, as ações da SESU aparecem frequentemente combinadas com as ações da Secretaria de Educação a Distância, Alfabetização e Diversidade (Secad). Dessa parceria entre órgãos do MEC foi implementado o Programa de Apoio à Formação Superior e Licenciaturas Interculturais Indígenas (PROLIND) e viabilizada a inclusão de reserva de bolsas para estudantes indígenas no Programa Universidade para Todos (PROUNI), os dois mais importantes mecanismos de inclusão diferenciada de estudantes indígenas realizada pelo governo federal brasileiro.
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